libStatGen Software  1
Class Index
_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w
  _  
FastQFile    LongCounter    PileupHelper    SamValidationErrors   
FastQStatus    LongHash    PosList    SamValidator   
__kstring_t    FileType    LongParamContainer   
  q  
SetParameter   
  a  
FilterTest    LongParameterList    ShiftIndelsTest   
FortranFormat    LongParameters    QuickIndex    SmithWaterman   
Alleles   
  g  
  m  
  r  
SortedChunkList   
AnalyzeClass    StatGenStatus   
  b  
GenericSamInterface    MarkerInfo    Random    String   
GenomeSequence    Matrix    IndexBase::Reference    StringAlias   
BamIndex    genomeSequenceMmapHeader    MD5_CTX    ReferenceSequenceTest    StringArray   
BamIndexFileTest    GenotypeList    MemoryMap    ReusableVector    StringDoubleHash   
BamInterface    glfEntry    MemoryMapArray    ReusableVectorTest    StringHash   
bamRecordStruct    GlfException    MemoryMapArrayHeader    ReusableVectorTestDataType    StringHashBase   
BaseAsciiMap    GlfFile    MemoryMapArrayTest    RunningStat    StringIntHash   
BaseComposition    GlfFileReader    MemoryMapGenericHeader   
  s  
StringIntMap   
BaseCount    GlfFileWriter    MiniDeflate    StringMap   
baseQualityConvertor    glfHandler    MockGenomeSequence    SamCoordOutput    StringParameter   
BaseUtilities    GlfHeader    modify    SamCoordOutputTest    SwitchParameter   
BasicHash    glfIndel    modifyVar    SamFile   
  t  
BGZF    GlfRecord   
  n  
SamFileHeader   
IndexBase::Bin    GlfRefSection    SamFileReader    Tabix   
  c  
GlfStatus    NonOverlapRegionPos    SamFileWriter    TestPileup   
GlobalTestEnvironment    NonOverlapRegions    SamFilter    TestPileupElement   
CharBuffer    GreedyTupleAligner    NonOverlapRegionsTest    SamFlag    TestPosList   
Chromosome    GzipHeader   
  o  
SamHeaderHD    TestValidate   
ChromosomeInfo   
  h  
SamHeaderPG    TestWrite   
Chunk    OptionList    SamHeaderRecord    Timing   
Cigar    HiddenDouble   
  p  
SamHeaderRG   
  u  
CigarHelper    HiddenInteger    SamHeaderSQ   
CigarHelperTest    HiddenString    PackedArrayTest    SamHeaderTag    UncompressedFileType   
Cigar::CigarOperator    HiddenSwitch    PackedRead    SamHelper    UnitTest   
CigarRoller   
  i  
PackedSequenceData    SamInterface   
  v  
CigarRollerTest    PackedVector    SamQuerySeqWithRef   
ColumnExtras    IFILE_Test    Parameter    SamQuerySeqWithRefIter    Vector   
  d  
IndexBase    ParameterList    SamRecord    VectorFunc   
InputFile    Pedigree    SamRecordHelper   
  w  
defaultPileup    IntArray    PedigreeDescription    SamRecordHelperTest   
DoubleParameter    IntHash    PedigreeGlobals    SamRecordPool    SmithWaterman::weight   
  e  
IntParameter    PedigreeKey    SamRecordPoolTest    Weight   
  k  
Person    SamReferenceInfo   
emptyGenericHeader    PhoneHome    SamSingleBaseMatchInfo   
EqualsTest    knetFile_s    Pileup    SamStatistics   
ErrorHandler   
  l  
PileupElement    SamTags   
  f  
PileupElementBaseQual    SamValidationError   
ListParameter   
Family   
_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w